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すぐれた自然環境を維持する地域の中でも、環境大臣が指定し保全する地域のこと。

指定を受けた地域では、特定の行為を行おうとする場合、環境大臣への届出が必要となる。

　■届出が必要となる行為
　　　・建築物の建築
　　　・工作物の建築
　　　・宅地造成
　　　・海底の形状変更
　　　・土石の採取
　　　・特別地区の河川や湖沼の水位、水量に影響を及ぼすような行為

特別地区は、自然環境保全地域の中に設定される地区のことで、この地区では上記の行為に加えさらに環境大臣の許可が必要な行為が増え、厳重な保全がされている。

また、自然公園は自然環境保全地域に含まない。